Оператор ОАО ГЛОНАСС должен быть сформирован уже в этом году, но чиновники пока не пришли к консенсусу относительно того, кто будет управлять системой. Среди вероятных претендентов отмечают Минтранс и Росимущество. Кроме того среди вероятных претендентов отмечается российский разработчик электроники «Ростех».

Планируется, что ОАО «ГЛОНАСС» будет единственным оператором, осуществляющим контроль системы. Начиная с 2017 года датчики ГЛОНАСС, будут устанавливать на весь новый автомобильный транспорт. Согласно расчётам, уже к 2018 году доход от эксплуатации системы должен составит 5 млрд. рублей. ОАО «ГЛОНАСС» будет полностью государственной компанией, уставной капитал внесёт РФ,

Основная проблема заключается в том, что чиновники не могут определиться с тем, какое ведомство выступит в качестве акционера предприятия. Министерство транспорта предложило модель управления, при которой одно ведомство определяет и бюджетное финансирование, и дальнейшую стратегию развития системы ЭРА-ГЛОНАСС, а также выступает и в качестве органа осуществляющего контроль над реализацией проекта, и формирующего отчёт о деятельности ОАО ГЛОНАСС. Государство же предлагает сделать единственным акционером не Росимущество, а Минтранс.

Эксперты отмечают, что предложенная модель имеет достаточно узкую специализацию, в то время как сам проект межотраслевой, поэтому в нём принимают участие такие органы как Роскосмос, Минэнерго, Минсельхоз, Минздрав, МВД, ФСБ и даже Минобороны. Таким образом, требуется более прозрачная модель управления, которая позволяла бы отслеживать движение средств. Как отмечают в Росимуществе, модель с акциями была бы более предпочтительна для такого предприятия.