Для составления рейтинга учебные заведения оценивали по следующим критериям: качество образовательных услуг, востребованность специалистов на рынке труда в первые годы после получения диплома об образовании, доступность информации, в том числе и навигация по персональному сайту, уровень развития научно-исследовательских работ, а также учебные программы и взаимодействие с заграничными образовательными учреждениями.

Оценка проводилась по 100-бальной шкале.

На первом месте нашего рейтинга находится Уфимский государственный авиационный технический университет, набрав 50 баллов. Подготовка специалистов осуществляется по 61 специальности 25 направлениям, в том числе, в области авиационной и ракетно-космической техники. Университет участвует в программе запуска микроспутников. Учебное заведение имеет 5 филиалов и одно учебное заведение среднего профессионального образования.

Второе место занимает Уфимский нефтяной технический университет. Является одним из региональных опорных университетов. В учебном заведении ведется подготовка специалистов, а также научная деятельность в области бурения, разработки и добычи нефти и газа, их транспортировки и хранения. Изучаются способы синтеза новых материалов, углубления переработки углеводородного сырья, повышения коррозионной устойчивости и долговечности нефтехимического, нефтепромыслового и нефтегазотранспортного оборудования. А также разработки строительных материалов и технологических процессов. На базе ВУЗа действует центр повышения квалификации специалистов нефтяной отрасли. Согласно мнению экспертов, ВУЗ набирает 49,61 балла.

Третье место занимает Башкирский государственный университет. Является первым вузом Башкортостана. Занимает 75 место в рейтинге классических университетов. В университете активно ведется научная деятельность. На базе учебного заведения активно действуют Центр микро- и наномасштабной динамики дисперсных систем, в котором ведутся научные исследования мирового уровня, Центр биотехнологии и медицинской генетики, Геофизический Центр диагностирования состояния нефтегазовых пластов и скважин, лаборатория репродуктивной биологии и клонирования растений и другие научные подразделения. ВУЗ активно сотрудничает с зарубежными университетами, создавая совместные образовательные проекты. В рейтинге INNOV он набрал 48,16 балла.

Четвертое место рейтинга, по мнению экспертов INNOV, набрав 35,49 балла занимает Башкирский государственный аграрный университет. В учебном заведении активно ведется работа по изучению и активному внедрению в сельское хозяйство региона и страны инновационных технологий для сельского хозяйства и ветеринарии. Студенты ВУЗа регулярно участвуют в международных конференциях, являются лауреатами конкурсов научных работ. На базе сайта ВУЗа активно действует Электронная информационная образовательная среда для наиболее продуктивного процесса обучения.

На пятом месте рейтинга ВУЗов INNOV находится Башкирская академия государственной службы и управления при Главе Республики Башкортостан. ВУЗ осуществляет подготовку управленческий кадров для государственной службы в Республике и по всей России. Учебное заведение на постоянной основе сотрудничает с университетами Германии, Белоруссии и Казахстана. Академия набирает 30,70 балла.