Об объединении "Восточно-Европейского головного научно-исследовательского и проектного института энергетических технологий" ("Головного института ВНИПИЭТ") и Санкт-Петербургского Атомэнергопроекта было заявлено в 2012 году. Крупнейшая в России проектная компания ОАО «Атомпроект» образована в 2013 году, ещё год заняла окончательная консолидация этих компаний.

За год работы объединённая компания ОАО «Атомпроект» смогла завоевать около 40 % рынка в атомной отрасли. В компании работают около 3 тысяч человек, из них 2,5 тысячи человек занимаются проектированием. В ходе образования новой компании подвергся сокращению на 315 человек исполнительный блок, а количество занятых в проектировании возросло на 200 человек. Портфель заказов по итогам прошлого года составил 60 миллиардов рублей.

ОАО «Атомэнергопроект» занимается проектированием объектов атомной отрасли, научными исследованиями, разработкой энергетических технологий нового поколения.